Prosedur Pengajuan Tanda Daftar Lembaga Pendidikan Al-Quran adalah sebagai berikut :

A. LPQ menyiapkan berkas-berkas pendaftaran sebagai berikut :
1. Surat Permohonan Tanda Daftar
2. Profil LPQ
3. Susunan Pengurus
4. SK Kepala dan Tenaga Pengajar
5. Data Kepala dan Tenaga Pengajar
6. Foto Copy Ijazah Kepala dan Tenaga Pengajar
7. Foto Copy Syahadah Kepala atau Tenaga Pengajar
8. Data Santri
9. Surat Keterangan Tanah *
10. Akta Notaris Yayasan *
11. Surat Keterangan Domisili Lembaga dari Kelurahan
12. Denah Lokasi

* Boleh tidak dilengkapi, hanya bersifat Opsional

B. Melakukan pendaftaran secara online dimulai dengan melakukan registrasi, melengkapi profil kelembagaan lalu mengunggah berkas-berkas yang telah ditentukan.

C. Melakukan proses pengajuan Tanda Daftar pada menu Status LPQ jika seluruh persyaratan telah dilengkapi.

D. Admin Kemenag Kabupaten melakukan proses verifikasi faktual dengan melakukan survey ke lokasi pengusul. Pada proses verifikasi faktual, tim yang ditugaskan mengambil bukti verifikasi pada 5 objek, yaitu :
1. Foto Kepala LPQ
2. Foto Lokasi LPQ
3. Foto Bangunan LPQ
4. Foto Ruang Belajar
5. Foto Kegiatan Pembelajaran
Hasil verifikasi diunggah pada SIPDAR beserta status verifikasi faktual.

Berdasarkan hasil verifikasi tersebut, Kantor Kemenag Kabupaten / Kota menerbitkan Nomor Statistik dan SK penetapan (baik pengajuan baru maupun perpanjangan)